KERAGAMAN GENETIK 22 AKSESI PADI LOKAL TORAJA UTARA BERBASIS MARKA SIMPLE SEQUENCE REPEATS (SSR)
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Salah satu cara untuk menggali potensi padi lokal adalah dengan karakterisasi. Dengan adanya kegiatan karakterisasi tersebut maka dapat diketahui bagaimana keragaman genetik dari suatu tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dari 22 aksesi padi lokal Toraja Utara. Duapuluh dua aksesi padi lokal Toraja Utara dikarakterisasi menggunakan 30 marka SSR dan dianalisis keragaman genetiknya menggunakan program NTSYS pc 2.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa duapuluh enam marka SSR yang dianalisis memiliki kisaran ukuran alel antara 106.75-311 bp, dengan jumlah alel rata-rata 3 dan tingkat polimorfisme sebesar 0,53. Koefisien kemiripan genetik 0,38 dan terbentuk 3 klaster. Pada klaster I dan klaster II didominasi oleh padi yang tidak memiliki rambut pada ujung gabahnya, dan pada klaster III didominasi oleh padi yang memiliki rambut pada ujung gabahnya. Selain itu, pada jarak genetik diatas 0,7 terdapat 105 peluang persilangan.
Article Details
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
a). Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
b). Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
c). Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
References
Anderson JA, Churchill GA, Autrique JE, Tanksley SD, Sorrells ME (1993) Optimizing parental selection for genetic linkage maps. Genome 36:181-186. doi: 10.1139/g93-024
Anggraheni YGD dan Mulyaningsih ES (2017) Eksplorasi marka SSR terpaut sifat toleransi padi gogo terhadap aluminium. J Biol Indones 13:97-106
Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW (1980) Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am J Hum Genet 32:314-331
Chaerani, Hidayatun N, Utami DW (2009) Pengembangan set multipleks penanda DNA mikrosatelit untuk analisis variasi genetik padi dan kedelai. J AgroBiogen 5:57-64. doi: 10.21082/jbio.v5n2.2009.p57-64
Chaerani, Utami DW, Hidayatun N, Abdullah B, Suprihatno B (2014) Asosiasi antara marka SSR dengan ketahanan terhadap wereng batang coklat pada varietas dan calon galur harapan padi. J Entomol Indones 11:43-52. doi: 10.5994/jei.11.1.43
Chen MH, Bergman C, Pinson S, Fjellstrom R (2008) Waxy gene haplotypes: Associations with apparent amylose content and the effect by the environment in an international rice germplasm collection. J Cereal Sci 47:536-545. doi: 10.1016/j.jcs.2007.06.013
Efendi R, Musa Y, Farid MB, Rahim MD, Azrai M, Pabendon MB (2015) Seleksi jagung inbrida dengan marka molekuler dan toleransinya terhadap kekeringan dan nitrogen rendah. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 34:43-53. doi: 10.21082/jpptp.v34n1.2015.p43-53
Fatimah, Herlina L, Silitonga TS (2016) Genetic diversity and trait association analysis of Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using SSR markers. J Biotropia 23:105-115. doi: 10.11598/btb.2016.23.2.489
George MLC, Regalado E, Li W, Cao M, Dahlan M, Pabendon M, Warburton ML, Xianchun X, Hoisington D (2004) Molecular characterization of Asian maize inbred lines by multiple laboratories. Theor Appl Genet 109: 80-91. doi:10.1007/s00122-004-1626-8
Gramene (2006) Panel of 50 standard SSR markers. http://archive.gramene.org/markers/microsat/50_ssr.html. Accessed 26 July 2018
Gross BL dan Zhao Z (2014) Archaeological and genetic insights into the origins of domesticated rice. PNAS. 111:6190-6197. doi: 10.1073/pnas.1308942110
Juhriah, Masniawati A, Tambaru E, Sajak A (2013) Karakterisasi morfologi malai padi lokal asal Kabupaten Tana Toraja Utara, Sulawesi Selatan. J Sainsmat 2:22-31. doi: 10.2685/sainsmat217492013
Khan IA, Awan FS, Ahmad A, Khan AA (2004) A modified mini-prep method for economical and rapid extraction of genomic DNA in plants. Plant Mol Biol Rep 22:89. doi: 10.1007/BF02773355
Konda V, Suryono, Gosal PH (2017) Pengaruh layanan terminal bolu di Kecamatan Tallunglipu terhadap pertumbuhan wilayah Kabupaten Toraja Utara. J Spasial 4: 67-78
Kristamtini, Taryono, Basunanda P, Murti RH (2014) Keragaman genetik kultivar padi beras hitam lokal berdasarkan penanda mikrosatelit. J AgroBiogen 10:69-76. doi: 10.21082/jbio.v10n2.2014.p69-76
Las I, Suprihatno B, Daradjat AA, Suwarno, Abdullah B, Satoto (2004) Inovasi teknologi varietas unggul padi: Perkembangan, arah, dan strategi ke depan. Hal 375-395. Dalam: Kasryno F, Pasandaran E, Fagi AM (Eds). Ekonomi Padi dan Beras di Indonesia. Jakarta: Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Departemen Pertanian, Jakarta
Lestari P, Ham TH, Lee HH, Woo MO, Jiang W, Chu SH, Kwon SW, Ma K, Lee JH, Cho YC, Koh HJ (2009) PCR marker-based evaluation of the eating quality of japonica rice (Oryza sativa L). J Agric Food Chem 57:2754–2762. doi: 10.1021/jf803804k
Limbongan Y dan Djufry F (2015) Karakterisasi dan observasi lima aksesi padi lokal dataran tinggi Toraja, Sulawesi Selatan. Bul Plasma Nutfah 21:61-70
Makkulawu AT, Aswidinnoor H, Trikoesoemaningtyas, Koswara J (2009) Estimasi jarak genetik galur jagung pulut berbasis marka mikrosatelit dan korelasinya dengan karakter morfologi. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 28:7-16
Maulana Z, Kuswinanti T, Sennang NR, Syaiful SA (2014) Eksplorasi keragaman plasma nutfah padi lokal asal Tana Toraja dan Enrekang berdasarkan karakterisasi morfologi. Hal 347-352. Prosiding SEMNAS 2014. UNMAS Press, Denpasar
Molina J, Sikora M, Garud N, Flowers JM, Rubinstein S, Reynolds A, Huang P, Jackson S, Schaal BA, Bustamante CD, Boyko AR, Purugganan MD (2011) Molecular evidence for a single evolutionary origin of domesticated rice. PNAS 108:8351-8356. doi: 10.1073/pnas.1104686108
Mulsanti IW, Surahman M, Wahyuni S, Utami DW (2013) Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 32:1-8. doi: 10.21082/jpptp.v32n1.2013.p1-8
Putra OD, Samudin S, Lakani I (2014) Karakterisasi genotip padi lokal Kamba asal dataran Lore. J Agrotekbis 2:146-154
Reflinur dan Lestari P (2015) Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA. J Litbang Pert 34:177-186. doi: 10.21082/jp3.v34n4.2015.p177-186
Rohaeni WR, Susanto U, Yunani N, Usyati N, Satoto (2016) Kekerabatan beberapa aksesi padi lokal tahan hama penyakit berdasarkan analisis polimorfisme marka SSR. J AgroBiogen 12:81-90
Sitaresmi T, Wening RH, Rakhmi AT, Yunani N, Susanto U (2013) Pemanfaatan plasma nutfah padi varietas lokal dalam perakitan varietas unggul. Iptek Tanaman Pangan 8:22-30
Sukartini (2008) Analisis jarak genetik dan kekerabatan aksesi-aksesi pisang berdasarkan primer random amplified polymorphic DNA. J Hort 18:261-266. doi: 10.21082/jhort.v18n3.2008.p%25p
Susanto U, Rohmah NA, Mejaya MJ (2015) Distinguishing rice genotypes using morphological, agronomical, and molecular markers. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 34:79-87. doi: 10.21082/jpptp.v34n2.2015.p79-87
Thomson MJ, de Ocampo M, Egdane J, Rahman MA, Sajise AG, Adorada DL, Tumimbang-Raiz E, Blumwald E, Seraj ZI, Singh RK, Gregorio GB, Ismail AM (2010) Characterizing the Saltol quantitative trait locus for salinity tolerance in rice. Rice 3:148-160. doi: 10.1007/s12284-010-9053-8
Utami DW, Kristamtini, Prajitno (2009) Karakterisasi plasma nutfah padi beras merah lokal asal provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan karakter morfo-agronomi dan marka SSRs. Zuriat 20:10-18
Utami DW, Sutoro, Hidayatun N, Risliawati A, Hanarida I (2011) Keragaman genetik 96 aksesi plasma nutfah padi berdasarkan 30 marka SSR terpaut gen pengatur waktu pembungaan (HD Genes). J AgroBiogen 7:76-84. doi: 10.21082/jbio.v7n2.2011.p76-84
Zulfahmi (2013) Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. J Agroteknologi 3:41-52. doi: 10.24014/ja.v3i2.87