IDENTIFIKASI MOLEKULER JERUK NIPIS TEGAL BERDASARKAN FRAGMEN GEN 18S RIBOSOMAL RNA

Main Article Content

Hermin Pancasakti Kusumaningrum

Abstract

egal’s lime is a lime that grows in the coastal areas with high salinity, and research on the molecular identification of Tegal’s lime has never been done before. This study aims to determine the molecular identity and its phylogenetic relationship with other oranges in GenBank. DNA isolation was carried out using CTAB. The best DNA purity was 1.883 while the highest DNA concentration was 464.83 ng/?L. DNA amplification was carried out using the PCR method which consisted of denaturation, annealing, and extension steps. DNA was electrophoresed with agarose gel. The DNA band size was 572 bp. The fraqment of 18S rRNA of Tegal’s lime has a greatest similarity of 99,64% with Citrus sinensis, while based on phylogenetic tree it has a closest relationship with C. aurantium (bootstrap value 33%). The alignment of Tegal’s lime against the C. aurantium sample showed that there were 2 gaps and 4 base changes, while the alignment with other oranges and C. medica as an ancestral showed that there were transition and transversion at the 130th and 560th nucleotide respectively.


 


Jeruk nipis Tegal merupakan jeruk nipis yang tumbuh pada daerah pesisir yang memiliki salinitas cukup tinggi dan penelitian tentang identitas jeruk nipis Tegal masih belum pernah dilakukan sebelumnya. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui identitas jeruk nipis Tegal secara molekuler dan mengetahui hubungan kekerabatannya dengan jeruk lainnya pada GenBank. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan CTAB. Kemurnian DNA terbaik yaitu 1,883 sedangkan konsentrasi DNA tertinggi adalah 464,83 ng/?L. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode PCR yang terdiri dari tahap denaturasi, anealing, dan ekstensi. DNA dianalisis menggunakan elektroforesis gel agarosa. Ukuran pita DNA yang didapatkan yaitu 572 pb. Fragmen gen 18S rRNA jeruk nipis Tegal memiliki kesamaan yang paling tinggi dengan Citrus sinensis sebesar 99,64% sedangkan berdasarkan analisis filogenetik, memiliki hubungan kekerabatan yang paling dekat dengan C. aurantium (nilai bootstrap sebesar 33%). Hasil pensejajaran jeruk nipis Tegal terhadap sampel C. aurantium menunjukkan adanya 2 gap dan 4 perubahan basa sedangkan pensejajaran yang dilakukan antara jeruk nipis Tegal dengan jeruk lain dan jeruk nenek moyang C. medica menunjukkan adanya 1 transisi pada basa ke-130 dan 1 transversi pada basa ke-560.

Article Details

How to Cite
Kusumaningrum, H. P. (2023). IDENTIFIKASI MOLEKULER JERUK NIPIS TEGAL BERDASARKAN FRAGMEN GEN 18S RIBOSOMAL RNA. Jurnal Bioteknologi Dan Biosains Indonesia, 8(2), 244–245. Retrieved from https://ejournal.brin.go.id/JBBI/article/view/1804
Section
Articles

References

Al-Aamri MS, Al-Abousi NM, Al-Jabri SS, Alam T, Khan S (2018) Chemical composition and in-vitro antioxidant and antimicrobial activity of the essential oil of Citrus aurantifolia L. leaves grown in Eastern Oman. J Taibah Univ Med Sci 13: 108–112. doi: 10.1016/j.jtumed.2017.12.002

Andariyusti F, Roslim DI (2021) Analisis sekuens DNA penyandi 18S rRNA pada tumbuhan cocor bebek (Kalanchoe x laetivirens). J Bios Logos 11: 109–113. doi: 10.35799/jbl.11.2.2021.32297

BP4D (2017) Laporan Akhir: Studi analisis dampak intrusi air laut Kota Tegal-Tahun Anggaran 2017. Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pembangunan Daerah, Pemerintah Kota Tegal

Budiarto BR, Widyowati H, Desriani (2018) Kaitan genotyping errors dengan performa diagnostik molekuler kanker berbasis amplifikasi asam nukleat. Biodidaktika: J Biol Pembelajaran 13: 1–18. doi: 10.30870/biodidaktika.v13i2.3279

Cantarel BL, Morrison HG, Pearson W (2006) Exploring the relationship between sequence similarity and accurate phylogenetic trees. Mol Biol Evol 23: 2090–2100. doi:10.1093/molbev/msl080

Chatzou M, Magis C, Chang JM, Kemena C, Bussotti G, Erb I, Notredame C (2015) Multiple sequence alignment modeling: Methods and applications. Brief Bioinform 17: 1009–1023. doi: 10.1093/bib/bbv099

Dharmayanti NLPI (2011) Filogenetika molekuler: Metode taksonomi organisme berdasarkan sejarah evolusi. Wartazoa 21: 1–10. Corpus ID: 55941368

Doyle JJ, Doyle JL (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull 19: 11–15.

Harahap MR (2018) Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia genetika. Circuit J Ilm Pendidikan Tekno Elektro 2: 21–26. doi: 10.22373/crc.v2i1.3248

Hidayat T, Pancoro A (2008) Ulasan: Kajian filogenetika molekuler dan peranannya dalam menyediakan informasi dasar untuk meningkatkan kualitas sumber genetik anggrek. J AgroBiogen 4: 35–40. doi: 10.21082/jbio.v4n1.2008.p35-40

Hikmatyar MF, Royani JI, Dasumiati (2015) Isolasi dan amplifikasi DNA keladi tikus (Thyponium flagelliform) untuk identifikasi keragaman genetik. J Bioteknol Biosains Indones 2: 42–48. doi: 10.29122/jbbi.v2i2.507

Ives AR, Helmus MR (2010) Phylogenetic metrics of community similarity. Am Nat 176: E128–E142. doi: 10.1086/656486

Kemena C, Notredame C (2009) Upcoming challenges for multiple sequence alignment methods in the high-throughtput era. Bioinformatics 25: 2455–2465. doi: 10.1093/bioinformatics/btp452

Kress WJ, Prince LM, Williams KJ (2002) The phylogeny and a new classification of the gingers (Zingiberaceae): Evidence from molecular data. Am J Bot 89: 1682–1696. doi: 10.3732/ajb.89.10.1682

Kusumaningrum HP, Budiharjo A, Suprihadi A, Eshananda Y, Fadillah A, Pangestuti DR (2018) The characterization of Citrus sp. from Parang Island Karimunjawa based on morphological, DNA barcoding, and nutritional analysis. Int J Genet Mol Biol 10: 26–38. doi: 10.5897/IJGMB2018.0167

Lv X, Zhao S, Ning Z, Zeng H, Shu Y, Tao O, Xiao C, Lu C, Liu Y (2015) Citrus fruits as a treasure trove of active natural metabolites that potentially provide benefits for human health. Chem Cent J 9: 68. doi: 10.1186/s13065-015-0145-9

Nikbakht M, Gholami A, Morowvat MH, Ghasemi Y, Mohagheghzadeh A (2016) Analysis of volatiles and 18S rRNA gene of Haplophyllum canaliculatum in in vitro culture. Res J Pharmacog 3: 17–25. Corpus ID: 15123527

Nugroho K, Terryana RT, Reffinur, Lestari P (2019) Metode ekstraksi DNA tanaman tanpa presipitasi etanol untuk kegiatan polymerase chain reaction (PCR). J Bioteknol Biosains Indones 6: 29–38. doi: 10.29122/jbbi.v6i1.3082

Nuraida D (2012) Pemuliaan tanaman cepat dan tepat melalui pendekatan marka molekuler. El-Hayah 2: 97–103. doi: 10.18860/elha.v2i2.2210

Pearson WR (2013) An introduction to sequence similarity (“homology”) searching. Curr Protoc Bioinformatics 42: 3.1.1–3.1.8. doi:10.1002/0471250953.bi0301s42

Prastiwi SS, Ferdiansyah F (2017) Review Article: Kandungan dan aktivitas farmakologi jeruk nipis (Citrus aurantifolia S.). Farmaka 15: 1–8. doi: 10.24198/jf.v15i2.12964

Pusat Data dan Sistem Informasi Pertanian (2015) Outlook Komoditas Pertanian Subsektor Hortikultura - Jeruk. ISSN: 1907–1507. Sekjen Kementerian Pertanian, Jakarta

Pusat Data dan Sistem Informasi Pertanian (2016) Outlook Komoditas Pertanian Subsektor Hortikultura - Jeruk. ISSN: 1907–1507. Sekjen Kementerian Pertanian, Jakarta

Rizko N, Kusumaningrum HP, Ferniah RS, Pujiyanto S, Erfianti T, Mawarni SN, Rahayu HT, Khairunnisa D (2020) Isolasi DNA daun jeruk bali merah (Citrus maxima Merr.) dengan modifikasi metode Doyle and Doyle. Berkala Bioteknol 3: 1–7

Roslim DI, Nuryani N, Herman (2018) Sekuen penyandi 18S ribosomal RNA dan ubiquitin pada Pandanus sp. asal Riau. J Bios Logos 8: 1–8. doi: 10.35799/jbl.8.1.2018.20590

Seprianto S, Feliatra F, Nugroho TT (2017) Isolasi dan identifikasi bakteri probiotik dari usus udang windu (Penaeus monodon) berdasarkan sekuen gen 16S rDNA. Jurnal Biogenesis 5: 83–92. doi: 10.24252/bio.v5i2.3943

Susanto YW, Kusumaningrum HP, Nurjanah S, Rustini S (2018) Characterization of 18S ribosomal RNA fragment from Solanum tuberosum L. var. granola potato. Scripta Biol 5: 27–30. doi: 10.20884/1.sb.2018.5.1.760

Syahputra I, Putri LAP, Basyuni M (2017) Identifikasi keragaman molekuler material genetika kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeats). J Pertanian Trop 4: 57–64. doi: 10.32734/jpt.v4i1.3070

Triani N (2020) Isolasi DNA tanaman jeruk dengan menggunakan metode CTAB (cetyl trimethyl ammonium bromide). G-Tech - J Teknol Terapan 3: 221–226. doi: 10.33379/gtech.v3i2.419

Xi Z, Liu L, Davi CC (2015) Genes with minimal phylogenetic information are problematic for coalescent analyses when gene tree estimation is biased. Mol Phylogenet Evol 92: 63–71. doi: 10.1016/j.ympev.2015.06.009

Yulianti F, Palupi NE, Agisimanto D (2016) Keragaman jeruk fungsional Indonesia berdasarkan karakter morfologis dan marka RAPD. J AgroBiogen 12: 91–100. doi: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p91-100