ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.)

Main Article Content

Devit Purwoko
Imam CiviCartealy
Teuku Tajuddin
Diny Dinarti
Sudarsono

Abstract

Kajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama.

Article Details

How to Cite
Devit Purwoko, Imam CiviCartealy, Teuku Tajuddin, Diny Dinarti, & Sudarsono. (2018). ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.). Jurnal Bioteknologi Dan Biosains Indonesia, 5(1), 98–107. https://doi.org/10.29122/jbbi.v5i1.2878
Section
Articles

References

Abbas B (2006) Keragaman genetik tanaman sagu di Indonesia berdasarkan marka molekuler genom kloroplas dan genom inti [disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor

Abbas B, Bintoro MH, Sudarsono, Surahman M, Ehara H (2009) Genetic relationship of sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) in Indonesia based on RAPD markers. Biodiversitas. 10: 168–174. doi: 10.13057/biodiv/d100402

Abbas B, Yanuarius R, Bintoro MH, Sudarsono, Surahman M, Ehara H (2010) Genetic diversity of sago palm in Indonesia based on chloroplast DNA (cpDNA) Markers. Biodiversitas. 11: 112–117. doi: 10.13057/biodiv/d110302

Bintoro MH (2011) Proggress of sago research in Indonesia. The 10th International Sago Symposium. Institut Pertanian Bogor Press, Bogor

Budiani A, Putranto RA, Minarsi H, Riyadi I, Sumaryono, Abbas B (2015) Expression and cloning of gene encoding ADP- Glucose Phyrophosphorylase from sago palm (Metroxylon sagu Rottb). Menara Perkebunan 83: 76-85

Dirjenbun (2016) Statistik Perkebunan Indonesia 2015-2017: Sagu. Direktorat Jenderal Perkebunan, Kementerian Pertanian, Jakarta

Ehara H, Naito H, Mishima T, Toyoda Y, Mizota C, Susanto S, Bintoro MH, Pasolon YB, Abbas B, Suwignyo RA, Munandar (2016) Comparison of growth parameters and yield components of sago palms grown in the islands in Southeast Asia and Melanisia. Seminar Ilmiah dan Lokakarya Nasional Sagu 9-10 November 2016, Bogor, Indonesia

Harsanto PB (1986) Budidaya dan Pengelolaan Sagu. Kanisius, Jakarta

Hashimoto M, Negi J, Young J, Israelsson M, Schroeder JI, Iba K (2006) Arabidopsis HT1 kinase controls stomatal movements in response to CO2. Nat Cell Biol 8: 391-397. doi:10.1038/ncb1387

Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA (2009) Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nat Protoc 4: 44-57. doi: 10.1038/nprot.2008.211

Imre G, Berthelet J, Heering J, Kehrloesser S, Melzer IM, Lee BI, Thiede B, Dötsch V, Rajalingam (2017) Apoptosis inhibitor 5 is an endogenous inhibitor of caspaseâ€2. EMBO Rep 18: 733-744. doi:10.15252/embr.201643744

Jamel B, Hussain MH, Salleh MA, Busri N (2011) Isolation and characterization of the GA 20-oxidase cDNA from sago palm (Metroxylon sagu Rottb.). AsPac J Mol Biol Biotechnol 19: 83-93

Johnson DV (2010) Tropical Palms. Food and Agriculture Organization (FAO) of The United Nations, Rome

Karim AA, Tie APL, Manan DMA, Zaidul ISM (2008) Starch from the sago (Metroxylon sagu) palm tree– properties, prospects, and challenges as a new industrial source for food and other uses. Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety 7: 215-228. doi: 10.1111/j.1541-4337.2008.00042.x

Karyanti, Sigit Y, Tajuddin T, Erwinda, Minaldi, Haska N (2016) Penanganan anakan muda pada kultur ex vitro untuk menghasilkan bibit sagu (Metroxylon sagu Rottb.) siap tanam. J Bioteknol Biosains Indones 3: 13-19. doi: 10.29122/jbbi.v3i1.20

Kjær A, Barfod AS, Asmussen CB, Seberg O (2004) Investigation of genetic and morphological variation in the sago palm (Metroxylon sagu; Arecaceae) in Papua New Guinea. Ann Bot 94: 109–117. doi: 10.1093/aob/mch112

Molina-Rueda JJ, Garrido-Aranda A, Gallardo F (2015) Glutamate decarboxylase. In: Amino Acids in Higher Plants. Chapter 7: 129. Spain. doi: 10.1079/9781780642635.0129

Mori T, Iqawa T, Tamiya G, Miyaqishima SY, Berger F (2014) Gamete attachment requires GEX2 for successful fertilization in Arabidopsis. Curr Biol 24: 170-175. doi: 10.1016/j.cub.2013.11.030

Narita V, Arum AL, Isnaeni S, Fawzya NY (2012) Analisis bioinformatika berbasis web untuk eksplorasi enzim kitosanase berdasarkan kemiripan sekuens. J Al-Azhar Indones 1: 197-203

Novero AU, Mabras MB, Esteban HJ (2012) Epigenetic inheritance of spine formation in sago palm (Metroxylon sagu Rottb.). Plant Omics J 5: 559-566

Raza K, Ahmad S (2017) Recent advancement in next generation sequencing techniques and its computational analysis. Tersedia pada: https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1606/1606.05254.pdf

Riyadi I, Efendi D, Purwoko BS, Santoso D (2016) Embriogenesis somatik tidak langsung pada tanaman sagu (Metroxylon sagu Rottb.) menggunakan sistem kultur suspensi, perendaman sesaat, dan media padat. J AgroBiogen 12: 37–44

Sumaryono (2007) Tanaman sagu sebagai sumber energi alternatif. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian 29: 4

Warde-Farley D, Donaldson SL, Gomes O, Zuberi K, Badrawi R, Chao P, Franz M, Grouios C, KaziF, Lopes CT, Maitland A, Mostafavi S, Montojo J, Shao Q, Wright G, Bader GD, Morris Q (2010) The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function. Nucleic Acids Res 38: W214 -W220. doi: 10.1093/nar/gkq537

Wee CC, Roslan HA (2012) Expressed sequence tags (ESTs) from young leaves of Metroxylon sagu. 3 Biotech. 2: 211–218. doi: 10.1007/s13205-012-0048-6

Yamamoto Y (2010) Starch Productivity In Sago Palm. In: Sago Palm As The Resource Crop In The 21st Century. Pp 218-232. The society of sago palm studies ed. Kyoto University press, Kyoto

Most read articles by the same author(s)